El Archivo Central inicia sus trabajos allá por 1987, con casi 20 años de retraso respecto al nacimiento de la Universidad Autónoma de Madrid. Era Rector Cayetano López Martínez. En un principio dependía de la Biblioteca Universitaria. Posteriormente se adscribió a la Secretaría General. En la actualidad depende de la Biblioteca Universitaria ( Vicegerencia de Investigación y Desarrollo).

Las manos de Pilar Sáenz de Buruaga, la primera archivera de la UAM, con escasos medios tanto humanos como técnicos, supieron sentar firmemente los cimientos de lo que hoy es este Archivo. En estos 18 años transcurridos se ha podido desarrollar una estructura que, aún con numerosos problemas y contratiempos, ha permitido establecer un funcionamiento que serán los usuarios de las secciones y servicios quienes habrán de juzgar.